Hay dos maneras:

Mediante la línea de comandos:

[user@localhost]# startx --bpp resolución (dónde resolución es 8, 16,24 ó 32)

Mediante el fichero de configuración:
En el fichero /etc/X11/XF86Config, en la sección screen correspondiente al servidor que se está utilizando actualmente, añadimos la línea:

DefaultColorDepth depth_que_queramos_utilizar

Un ejemplo:

DefaultColorDepth 16

Un Depth con valor 8 significa que trabajaremos a 256 colores, uno con valor 32 truecolor. No todas las tarjetas graficas podran utilizar todos los Depth disponibles en todas las resoluciones, todo dependera de la tarjeta grafica y de la memoria que esta tenga.