Eso es muy raro, he instalado CentOS en configuraciones parecidas y sí sabe sumar bien, a la hora de particionar te aparecen los 3 4 o 5 discos que tienes... y puedes ir particionandolos adecuadamente.

Te sugiero instalar todo en un solo disco con /boot, / y SWAP, no creo que nada más (quizá /usr)

Después que todo esté listo, particiona el 2do disco y úsalo por ejemplo para /home

y particiona el 3er disco y úsalo para /var y /usr

Una vez hayas movido los contenidos de cada directorio (/usr, /home, /var, etc) hacia el disco en cuestión que usarás, procede a vaciar el directorio (rm -Rf /usr/* ) y montar el disco en ese directorio.

Tendrás que editar el fstab para que el disco se monte automáticamente.

Es una labor interesante!!! Te dará mucho qué aprender, lo hago a veces con los servidores que compro con dos o más discos y hasta remotamente, le brinda más emoción!!! porque sé que si meto la pata me clavan mis buenos 90 o 100usd por reponer el sistema operativo.. así que hay que hacerlo bonito.

PEro si tienes el equipo a la mano, entonces aprnederás mucho.. suerte!! Ah, y usa tar para mover contenidos de un directorio hacia el otro disco.. el tar preserva los permisos:

tar -cf /temporal/usr.tar /usr

después posicionado en el nuevo disco:
tar -xf /temporal/usr.tar

Pero no creo que debas pasar tanto trabajo, el CentOS los debe detectar a los 3, a no ser que tengas dos de ellos hechos raid por hardware, quizá esa es la razón? Me huelo que sí.
Saludos
epe
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