Habilitar la Interfaz integrada de Red desde la BIOS o en su defecto utilizar el cable que se conecta al mainboard.

Luego:

# ethtool -s eth1 wol g

# ethtool eth1
Settings for eth1:
Supported ports: [ MII ]
Supported link modes: 10baseT/Half 10baseT/Full
100baseT/Half 100baseT/Full
1000baseT/Full
Supports auto-negotiation: Yes
Advertised link modes: 10baseT/Half 10baseT/Full
100baseT/Half 100baseT/Full
1000baseT/Full
Advertised auto-negotiation: Yes
Speed: 100Mb/s
Duplex: Full
Port: MII
PHYAD: 9
Transceiver: external
Auto-negotiation: on
Supports Wake-on: g
Wake-on: g
Link detected: yes

Si soporta :)

Hacemos un apt-get install etherwake o nos lo bajamos

Luego

etherwake -i eth1 00:0C:F1:D0:12:97

Donde -i la interfaz que esta conectada al switch donde esta conectado el equipo que deseamos encender.(Mismo dominio de broadcast)

OJO: Esto no funciona con enlaces enrutados (Tienen que estar en el mismo dominio de broadcast :))