[quote]1. Se puede ejecutar alguna aplicacion de windows sin tener particion de Windows o fat32 en linux[/quote]
Como ya te lo han dicho, SI, puedes ejecutar en tu particion normal de linux. Y como tambien te lo han dicho es recomendable que uses un paquete como el winetools, este pequeño programa te creará un directorio con todos los archivos necesarios para simular una unidad de Windows.
[quote]
2. Al intentar ejecutar (y otros me dan el mismo problema) me sale este error
The X11 driver is missing. Check your build!
Application tried to create a window, but no driver could be loaded.
The X11 driver is missing. Check your build![/quote]

Al parecer el usuario que está tratando de acceder al Wine no tiene permisos para usar el modo gráfico (el servidor X). Que distribucion estas usando? (SUSE, Fedora, Ubuntu, etc) Que version? Que version del Wine estas usando? Estás usando el Wine dentro del servidor X? Como estás tratando de correr la aplicacion? Que comandos estas utilizando?

Saludos