Hola comunidad

Necesito un poco de ayuda, tengo una aplicacion desarrollada en PHP, pero originalmente fue realizada en un ambiente Windows usando Apache como servidor web. No quiero mantener ese entorno y he preparado en servidor con Centos 5. Todo trabaja muy bien, salvo la aplicacion, y el problema esta en un LF y Cr al final de cada linea de los archivos PHP, que son muchos.