Disculpa la tardanza en responder. Recientemente me mude y no tuve tiempo para entrar aquí. Más abajo te pongo mis comentarios

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Antes que empieze me olvide de contarte que mi aplicacion es un demonio. No se si esto influye en la creacion
de RPM.
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Bueno en ese caso tienes que tener bien claro como se registra un demonio en tu distribución. Generalmente se crea un archivo /etc/init.d/nombredelservicio pero de ahi depende de la distribucion mucho para saber como registrarlo para que pueda ser iniciado automáticamente y las dependencias. En openSUSE se crea un archivo /sbin/rcnombredelservicio con la información necesaria.

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1- En estos dias me he fijado que los fuentes de la aplicacion que desarrollamos
estan distribuidas en varios servidores. Esto es un riesgo ya que los mismos pueden ser copiados o modificados
Con los rpms podemos evitar este tipo de problemas? Cuales serian las soluciones?
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Es un software opensource? Si es opensource puedes concentrar el desarrollo en sorceforge o google code o tu preferido o en el caso de usar un sistema descentralizado puedes usar github o algun servicio similar. Para poder asegurarte que el código que vas a compilar es lo que esperas tendrías que implementar un sistema de control de acceso a los fuentes para saber quien cambia que o donde. Ahi el mismo sistema que usas para control de versiones te puede ayudar (subversion, bazaar, git).

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2- En algunos casos la copia del ejecutable de la aplicacion llevado a otro servidor con las mismas carateristicas
no funciona. En estos casos por lo poco que pueder ver los rpm pueden crear versiones para las distintas distribuciones
en caso de que no funciones el rpm hay posibilidades de compilarde nuevo la aplicacion?
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Digamos que armas un paquete para openSUSE 11.1 i586 entonces debería correr en cualquier computadora que tenga instalada la misma distribución con la misma arquitectura. No deberías necesitar recompilar nunca para una computadora en específico a menos que esa computadora tenga paquetes no estandares o compilados a mano de los que dependa tu aplicación. Si no es ese el caso y aun tienes problemas deberías revisar cual es la fuente del problema que puede ser por compilar dinamicamente o estaticamente contra alguna librería no estandar de la distribución. Es bien importante que tengas muy claro cuales son las librerías de la distribución que necesitas y que versiones. Esto debería ser parte del archivo .spec.

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Mis fuentes estan distribuidos de la sgte manera

Directorio Principal Aplicacion
Aplicacion tiene los subdirectorios Lib y Fuentes
*Lib
confreader (subdir de Lib) tiene .c, .o, .h
parserUtils (subdir de Lib) tiene .c, .o, .h
ss7socket (subdir de Lib) tiene .c, .o, .h
*Fuentes
acciones (subdir de Fuentes) tiene .c, .o, .h Estos .o son utilizados para crear librerias dinamicas)
actionlibs (subdir de Fuentes) Estan las librerias dinamicas
Makefile (Make Principal )
Source.c (Fuente principal)
Configuracion.conf(archivo de configuracion con algunos datos ej. puerto, ip)
Source (ejecutable principal)
Source.o (objeto principal)

Por lo que puede encontrar algunos personas sugieren crear directorios para que sea organizado
RPM
BUILD
SOURCES
SPECS
RPMS
SRPMS (es el directorio nuestro paquete rpm pero en su estilo de fuentes?)

BUILD programa descomprimido
SOURCES mi aplicacion comprimida (Tone.tar.gz2)
SPECS mi archivo que lo voy a crear mas abajo
RPMS paquete rpm creado al final del proceso

Mi spec sería el sgte (OBS: se que ha de ser un desastre pero vale la pena el intento Smiling)

Name: foo
Summary: Paquete foo
Version: 0.1
Release: 1
License: GPL
Vendor: Desarrolladores de foo
Packager: Yo
Source0: %{name}-%version.tar.gz2

%description
Descripcion del paquete

%prep
%setup -q -a 0 ?? Si el debe descomprimir en BUILD como lo indico?
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Esto lo va a hacer automáticamente si no me equivoco, toma los sources de SOURCES y los descomprime en ${RPM_BUILD_ROOT}. Toma en cuenta que ${RPM_BUILD_ROOT} podría ser cualquier directorio entonces tienes que pensar que estas trabajando en un directorio cualquiera.

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%build
make

La opcion %build deberia ejecutar Makefile(Make Principal )? En ese caso es necesario tener la estructura original
de los fuentes ya que le makefile depende de ello.

%install
mkdir Tone
cd tone
mkdir Ejecutable
mkdir Librerias
cp BUILD/Aplicaciones/Fuentes/Source ..../Ejecutable (copiar el ejecutable)
cp BUILD/Aplicaciones/Fuentes/Configuracion.conf ..../Ejecutable (copiar el archivo de configuracion)
cp BUILD/Aplicaciones/Fuentes/actionlibs .../Librerias(copiar las librerias completas)
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En este punto puedes agregar comandos de shell para irte guiando. Por ejemplo trata de usar pwd o ls para saber en que directorio estas y cuales son los contenidos. Al momento de ejecutar la compilación va a aparecer cualquier salida como parte de la salida normal del build.

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Como uso librerias compartidas creo en el directorio /etc/ld.so.conf. un archivo con el path de
donde va encontrar las librerias dinamicas
sh scriptPath.sh (supongamos que el script ya esta echo)

%post
ldconfig (por las librerias dinamicas)

%clean
rm -rf Tone

Si supuessstamente esto esta bien despues ejecutaria

CD RPM
cd SPECS
rpmbuild -ba vertv.spec

La opción -ba especifica que construya el paquete y el paquete fuente src-rpm del programa?
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Te va a generar los dos paquetes un .src.rpm y un .rpm de tu propia arquitectura.

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Se que faltan opciones pero creo que para empezar esta bien Smiling

Desde ya MUCHAS GRACIAS por ayudarme.
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De ahí en general creo que vas por buen camino solo hay que pulir un poco el spec.